课程名称（中文）：计算机辅助药物分子设计
课程名称（英文）：Computer-Aided Drug Design
课程编码：211306
开课学院：理学院
授课对象：硕士研究生
任课教师：付颖
学时：32 学分：2 学期：第二学期
课程类型：选修课
开课学期：第2学期
考核方式:考试
预修课程：有机化学，普通化学，高等数学
面向学科：应用化学、农药学、动物药学、动物医学
课程简介：
一、教学目的与基本要求：（150字以内）
本课程主要介绍计算机辅助药物设计的入门知识，通过介绍计算化学的基本理论、概念与方法，计算机辅助药物设计的数据库系统、相关测定技术等，使学生能够学会基本的药物设计方法，对计算机辅助药物设计有初步的认识，了解计算机辅助药物设计的应用范围，拓宽学生的知识面，并将所学知识与科研课题相结合。
二、课程内容与学时分配
1. 课程主要内容：
本课程以课堂讲授为主，主要讲授计算机辅助药物设计的入门知识，药物设计的基本概念与方法，数据库系统、理论计算基础、常用计算方法、相关测定技术以及对软硬件的要求等。重点讲解计算机辅助药物设计的意义、作用和基本研究方法，同时介绍一些计算化学常用软件、使用方法及应用范围。选用一些典型的成功应用计算机辅助药物分子设计的实例，将理论与农药分子设计相结合，并介绍最新的国内外研究成果，反映计算化学学科发展前沿。
2. 课程具体安排：（按教学章节编写，重点章节下划线）
章节 |
教学内容 |
教学环节学时分配 |
讲授 |
自学 |
讨论 |
实验 |
上机 |
其他 |
第一章计算机在药学相关学科中的应用简介 |
1.1 现代药物研究的四大支柱 1.2 计算机辅助药物分子设计 |
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第二章药物的化学信息计算机系统 |
2.1二维化学信息数据库 2.2三维化学信息数据库 2.3合成反应信息管理软件及数据库 2.4生物信息数据库和软件 2.5药物的生物和化学信息网络资源 |
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第三章有关理论计算、技术和设备 |
3.1理论计算基础 3.2分子力学 3.3分子动力学 |
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第四章药物设计的基本概念和理论基础 |
4.1先导化合物的产生 4.2先导化合物取代基的优化技巧 4.3生物等排取代 4.4生物合理设计 4.5药效团 |
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第五章定量构效关系方法研究 |
5.1二维定量构效关系方法 5.2建立定量构效关系模型的统计方法 5.3三维定量构效关系方法 5.4定量构效关系方法的应用 |
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第六章药效团模型法 |
6.1药效团模型的表达 6.2药效团模型的识别 6.3基于药效团模型的数据库搜索 6.4药效团识别系统 |
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第七章分子对接方法 |
7.1分子对接基本原理 7.2几种有代表性的分子对接方法 |
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第八章计算机辅助药物设计应用实例 |
8.1 ALS抑制剂的研究——QSAR研究和药效团模型法间接药物设计 8.2 AChE抑制剂的研究和设计—QSAR研究和药物作用模型分析 8.3三唑类杀菌剂的设计研究—CoMFA法3D-QSAR研究 8.4硫代氨基甲酸酯类化合物的结构与除草活性研究 8.5光合系统Ⅱ电子传递抑制剂的分子设计 |
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三、实践环节内容与要求
每章结束后，要求在查阅相关资料的基础上，完成本章内容的总结，并提交相关资料。
四、教材及主要参考文献（顺序为：文献名，作者，出版时间，出版单位）：
1.计算机辅助药物设计导论 叶德泳主编 2004 化学工业出版社
2.农药分子设计 杨华铮主编 2003 科学出版社
3.计算机辅助药物分子设计 徐筱杰主编 2004 化学工业出版社
4.杨华铮,邹小毛,朱有全,现代农药化学,化学工业出版社，2013
5. COMPUT AIDED DESIGN [J]
6. COMPUT BIOL CHEM [J]
7. COMPUT BIOL MED [J]
